陳水扁辦公室的文件如何歸還，凸顯政黨輪替交接問題。時任政權交接小組召集人詹春柏回憶，當時交接都是依二局編列檔案清查，「倘若有些檔案沒有文號，根本無從查起」。

二○○八年總統選舉結束，總統府在五二○前將檔案交接給馬蕭辦公室，結果五長交接檔案僅七百多件，時任交接小組成員賴素如也證實，「（陳水扁）總統辦公室交接的文件很少」，但是否攜走機密文件？她無從置評。

詹春柏表示，民進黨八年執政的文件檔案，並未逐一登錄編號，「前調查局長葉盛茂直接進入總統辦公室交付文件（例如洗錢情資等），哪有資料可查？」

詹春柏無奈表示，民進黨執政時，許多文件都沒有登記文號，無案可查，交接過程倘若未獲主動告知，根本無從查起，「（政權交接）根本就是憑良心辦事」。

二○○八年總統才剛選完，即傳出陳水扁辦公室大量影印資料，甚至添購碎紙機銷毀文件，總統府政風處長謝建財曾在立院證實，扁的確曾要求總統府第一局拷貝機密資料，但政風處提醒此舉有觸法疑慮。

對於陳水扁離任並帶走大量機密文件，詹春柏說，「這很有可能」。

除交接不清的重大問題外，政黨輪替後，國安會更曾在內部發現扁政府時期清查國民黨黨產的機密卷宗，但「黨產專案」卷宗只剩外殼，夾內空空如也，黨產資料宛如人間蒸發。

知情人士提到，政黨輪替之初，府內清查檔案發現不少問題，包括國安會延續性專案中有幾年資料不見，例如某公文九十三、九十四年付之闕如，九十五年又忽然冒出；其次，是公文中提到的文件消失，例如甲公文內明確提到乙案，但乙案就是找不到。